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El Club Armenio de Fútbol fue fundado el 2 de Noviembre de 1962 por un grupo de integrantes de la colectividad armenia en Argentina, con el objetivo de centralizar la representación de dicha comunidad en eventos deportivos. En 1968 cambió el nombre a Club Deportivo Armenio y dos años más tarde se afilió a la AFA.

 

En la temporada 1986/87, Armenio rompió el récord en la Argentina de la mayoría de partidos sin perder, con una racha de 38 partidos sin conocer la derrota. El entrenador de Armenio en ese momento fue Alberto Parsechian, y el capitán era Miguel Gardarian.

Tras esta exitosa campaña el club logró el ascenso a la Primera Division argentina. Su mejor resultado fue obtenido en esa temporada logrando el 13º lugar en la temporada 1987/88, seguido por el descenso la temporada después.

Una de las dos victorias más memorables de su historia fue una victoria de 3:2 contra River Plate en la temporada 1987/88, cuando Armenio estaba perdiendo 2:0. Ese día, los 3 goles fueron anotados por Raúl Edmundo Wensel.

La otra victoria memorable fue en la misma temporada, contra Boca Junios, en La Bombonera. Armenio ganó ese día 1:0, con un gol de Silvano Maciel. Este partido fue el último en la carrera de Huego Gatti, porque cometió el error que hizo que Boca pierda ese partido. Es por eso que su entrenador en ese momento  decidió no tomarlo en cuenta más.

Tanto el escudo como su camiseta cambiaron con el paso del tiempo. En un principio sus colores eran el negro y blanco, que luego pasaron a ser verde con vivos blancos. Actualmente utiliza el rojo, azul y naranja en representación a la bandera de Armenia, al igual que los colores del escudo.